该保护区位于珠江口海域内伶仃岛至牛头岛之间，西至珠海淇澳岛，东至粤港水域分界线，这里的中华白海豚群体种群世代比较完整，涵盖婴儿期、幼年期、少年期、青年期、壮年期和老年期全部6个世代，是中国中华白海豚分布最密集、数量最多的区域。
“目前对中华白海豚的保护方式，主要是从救护管理、资源监测、巡航监管、科研合作、科普宣传及救护保育基地建设等方面进行。例如加强保护区巡航管护，可以减少人类活动对其生活栖息环境的干扰，开展增殖放流鱼虾苗，可以增加其食物供应等。”陈海亮表示，港珠澳大桥工程建设的7年里，保护区管理局参与了“港珠澳大桥工程对珠江口中华白海豚的影响专题研究”，指导有关单位采取“声驱法”等措施对误入港珠澳大桥施工区500米范围内的鲸豚实施驱赶；推动建设方、施工单位培训了数以千计的“观豚员”和“海豚守望者”；监督建设方、施工单位落实各项施工缓解措施以保护中华白海豚。期间，组织开展了中华白海豚资源监测，监测范围涵盖整个伶仃洋和部分珠江口西部海域。在大桥施工期内，没有发生因为施工直接导致中华白海豚的伤亡事故，也没有发生重大的海洋环境污染事故。在各方共同努力之下，兑现了“大桥通车，白海豚不搬家”的承诺。”
目前，该保护区正在创新探索建立中华白海豚大数据展示平台，包括个体识别数据库、搁浅数据库、样品数据库和标本数据库，全面呈现保护区海况天气、种群资源监测、活体濒危动物救护、巡航管理等内容。
2013年以来，该保护区共处理各类珍稀濒危海洋动物搁浅案例超过230起，其中中华白海豚案例190起，其中不少搁浅时伤痕累累。“近年来有些中华白海豚被高速行驶的轮船螺旋桨打伤甚至打死，巨大的伤口看起来很惨烈。”陈海亮呼吁，采取措施限制穿越保护区的轮船速度，尤其是要对来往港澳地区之间的高速客轮限速。
无独有偶，广东省政协委员孙省利建议，对在有中华白海豚出没海域附近捕捞的渔船加装钢丝网螺旋桨防护罩，确保螺旋桨转动时，不能伤及中华白海豚。
对此，广东省自然资源厅近日作出答复时指出，根据历年中华白海豚搁浅原因统计数据，栖息地破坏、食物短缺、中高速船只、渔网缠绕和人为干扰等是中华白海豚生存威胁的主要因素。该厅认为，对穿越白海豚栖息地的中高速船只进行提升改造、限航限速，设置禁渔期，以及加强渔具管理等系列措施非常必要。
同时，偶有一些渔船闯入中华白海豚保护区非法捕捞，即使被巡航人员发现移交相关机构处理，按照现有规定，处罚力度并不大。陈海亮建议，为了保护中华白海豚栖息环境，应进一步提高处罚力度，提高违法成本。
陈海亮介绍，中华白海豚救护保育基地项目总用海面积约80公顷，其中围填海面积5.3公顷，野化池面积5.5公顷，防波堤、码头面积1.8公顷，主要建设内容包括码头、护岸、防浪堤、海豚隔离池、野化池、饵料暂养池等。该项目二期还规划建设内容包括鲸豚广场、鲸豚博物馆、白海豚研究中心、国内外合作交流中心、科普宣教中心等。